由于气相色谱的样品组分较高的扩散常数，使其在很大的流速范围内具有近乎的板高和分离效率。通过改变载气流速，可以在不损失分离效率的情况下缩短分析时间，因为可以在较高的载气流速下工作。不同样品组分在氢气载气中的扩散系数变化影响很小，因而对于复杂混合物样品中所有组分都能保持较好的分离效率。由于氢气具有较低的粘度，比使用其他气体做载气具有更低的柱前压，从而可以降低压力对扩散系数的影响。也因为其较低的粘度，可以使用直径更小的毛细管而保持较高的载气流速，因而可以有效地缩短分析时间，这一特点尤其适合于快速气相色谱分析。

　　此外，氢气作为气相色谱载气还有许多其它的优点，如使用电子捕获检测器时，由于进样时混入载气中的氧气而很容易被氧化，而氢气作为载气可以避免氧化过程；在使用热导检测器时，氢气的导热性特别高；在使用质谱仪为检测器时，氢气为载气还不能实现质谱所需要的高真空状态，而目前已经不再是问题。

　　尽管氢气作为燃料气早已用于气相色谱，但人们对其作为载气仍心存怀疑。所有气相色谱的毛细管柱都与色谱仪的进样器相连，在充满氢气的毛细管中，若混入4%的空气即形成爆炸性混合物。这种情况可以通过使用氢气发生器代替购买氢气钢瓶来避免，现代化的氢气发生器原理为水的电解，通常采用固体电解质，固体电解质的特点是质子通过其孔径结构运输，实现了电解产生的氢气和氧气的有效分离。